Museum Rumah Sakit Mata Dr. Yap merupakan museum yang terlatak di dalam komplek Rumah sakit Mata Dr. Yap di Jalan Cik Ditiro 5 Yogyakarta, dan bernaung dibawah Yayasan Dr. Yap. Berdirinya Museum tersebut atas prakarsa direktur RS. Mata Dr. Yap , dr. Tri Sutartin Radjiman, didukung oleh Magdalena Indrawati, Ki Nayono, Ir. Anna Ismudianto, dan Ira Masri Singarimbun. Mereka adalah cikal bakal ide pendirian museum Rumah Sakit Mata Dr Yap. Awalnya, museum ini didirikan karena banyaknya alat-alat kesehatan yang dulu dipakai oleh Dr. Yap Hong Tjoen, terbengkalai dan hanya tersimpan di gudang. Karena hal tersebut maka direktur RS. Mata pada waktu itu mempunyai inisiatif untuk didirikan museum untuk mengenak jejak perjalanan Dr Yap Hong Tjoen dan memberikan wawasan pengetahuan terhadap masyarakat secara umum dan dunia kedokteran mata pada khususnya.

Museum RS Mata Dr. Yap memberikan alternatif wisata ilmu pengetahuan khususnya di bidang kedokteran dan kesehatan mata, serta mempunyai peranan yang besar terhadap perkembangan ilmu kedokteran mata. Karena koleksi di dalam museum menunjukkan sejarah panjang perjalanan Dr. Yap Hong Tjoen berkiprah di Indonesia khususnya selama menangani kesehatan mata masyarakat sejak jaman penjajahan belanda, sekitar tahun 1923.

Museum ini dibagi menjadi menjadi 4 ruang terpisah, yaitu ruang peralatan kedokteran berisi peralatan praktik yang dipakai oleh Dr. Yap Hong Tjoen dan Dr. Yap Kie Tong, yang kedua adalah ruang keluarga, yang ketiga ruang peralatan rumah tangga yang berisi radio, meja-kursi, mesin jahit, lampu, ranjang tidur, dan jam dinding tua yang hingga kini tetap terawatt dengan baik, dan yang terakhir yaitu ruang perpustakaan.

Museum ini buka setiap hari Senin-Sabtu pada jam 08.00-14.00 dan tidak dipungut biaya untuk mengunjungi museum tersebut, pengunjung hanya diwajibkan mengisi buku pengunjung dan dipersilakan menikmati seluruh koleksi di ruang museum dan perpustakaan yang ada.